番木瓜果皮很薄，轻微损伤也会导致病菌的入侵。因此，采后要及时处理。最佳处理方法是用50℃热水浸果20分钟，之后用流水冷凉，再用二溴化乙烯（ethylene dibromide）8g/m3在21℃温度下熏2小时，这样既可控制果蝇，又可除去乳汁。为了控制炭疽病和由Alternaria alternata,Fusarium solani等引起的果腐，可用1.21g/L的特克多（TBZ）处理，也可用苯莱特或代森锌处理。国外报道，采用热水处理（50℃热水浸10分钟后晾干上蜡）加上750Gy/hγ射线，可延长货架期3~3.5天，甚至8天。但若照射剂量达1000Gy/h，便有轻微辐射伤害，贮藏的番木瓜果实很快熟化，果肉轻度崩解。单用1250 Gy/hγ射线照射贮藏于25℃下的番木瓜果实，则不会产生辐射伤害，而且可推迟其呼吸高峰出现。辐射还能改善果实的颜色，而对其组织、风味没有不良影响。
　　处理过的番木瓜果实要用清水清洗，沥干后剔除伤病果，再分级并妥善包装，包装箱要坚固光滑，以避免损伤果实，目前常用的贮藏方法有低温冷藏、气调贮藏和低压贮藏。低温冷藏是控制果实后熟的最简便方法，而且能抑制某些引起果腐的真菌扩散。但低温对不同品种、不同成熟度的番木瓜果实造成贩影响不尽相同，易发生冷害。
　　据报道，用50℃热水浸果20min作预处理，置于12℃下贮藏2~3周，然后移出，在23℃下7天后果实才成熟。用特克所预处理过的成熟番木瓜果实，在10℃下贮藏14天，取出后在常温下（23℃）5~6天才后熟，并能有效控制果实腐烂。
　　低水平的氧气能有效延长番木瓜果实的货架期。经热水或辐射处理的果实，贮存于2%~4%氧气、10℃下气调贮藏6~12天，比在正常空气中存放延长货架期2天。在5%二氧化碳和1%氧气的条件下，贮藏番木瓜果实21天，品质仍好。在8%二氧化碳、3%氧气、10℃、相对湿度较高的条件下，可贮藏果实31天。低压可延迟某些真菌菌丝的生长、降低果实对病害的敏感性。