龙眼主要病害是鬼帚病（又名丛枝病、扫帚病、秃枝病等），由病毒侵染，或病毒与类原体复合侵染引起，主要症状是花穗、枝梢等生长畸形，秃枝，产量下降，树势衰弱直至死亡。木虱、荔枝蝽、白蛾蜡蝉等可传播此病。防治措施包括严格检疫、选用抗病品种、种植无病种苗、加强水肥管理、适时修前、及时防治传病害虫等。
　　龙眼害虫较多，已经发现的有100余种，其中以荔枝蝽、荔枝蒂蛀虫、龙眼亥麦蛾、龙眼角颊木虱等为害较为严重。其防治措施包括种苗检疫、剪除并焚毁受害枝梢和花穗、施放寄生蜂、喷施杀虫药剂等。