（一）主要病害　番木瓜病害目前已知的有10多种，其中为害最普遍及最严重的首推由病毒引起的番木瓜环斑花叶病，除此之外，还有10多种真菌病害，如炭疽病、叶斑病。
　　1.番木瓜环斑花叶病　番木瓜环斑花叶病一般称花叶病，番木瓜的主要种植区都有发生。本病的特点是来势凶、传播快、为害大，成为毁灭性病害，感病后的成长植株在冬天落叶，只留下顶部发黄的幼叶，次年结果量大减，甚至完全不结果，果实含糖量低，风味差，病株在1－4年内会死亡。病原为病毒。自然传播媒介为桃蚜和棉蚜，汁液致死温度为60℃。摩擦非常容易传毒，故此人工操作要注意。种子不带毒，土壤不传病。
　　症状　发病初期，在茎、叶脉及嫩叶的支脉间出现水渍斑，随后在嫩叶出现花叶病症状，在感病果实表皮上也出现水渍状圆斑（环斑），几个圆斑可联合成不规则形。
　　低温期，病株叶片大部分脱落，幼叶出现畸形叶，如鸡爪型、卷叶型和缩叶型。
　　发病条件　
　　A　气候　温暖干燥年份，本病发生严重（该气候利于蚜虫的发育和迁飞），因此，广州地区的气候条件，1年可出现两个发病高峰期和一个病株回绿期。4-5月及10－11月上旬，月平均温度为20－25℃，则发病株最多，症状消失，高温对本病毒有抑制作用，病株要每天加温至40℃,4小时连续4天，病株明显回绿，病斑消失，但停止高温后几天，症状再度出现。如果在第二个发病高峰时，顶上叶有花叶，下面无花叶，说明第一次发病高峰已感染，则影响结果。
　　B　果园位置　因本病主要由蚜虫传染，凡与旧果园或邻果园病株毗邻的植株发病快，发病率高。
　　C　植株的生育期及生长状况　苗期虽感病，但一般发病较少，开花结果期发病较多，另生长旺盛的植株耐病性强。
　　D　品种抗病性　不同品种对本病的抗耐性在差异，如表现发病迟早，发病率高低，症状的轻重等都有些不同。
　　防治方法　目前为止，我国还无完全有效的根治法，只是采取以栽培为主的保防措施。第一，选种耐病品种，广东现栽培的品种中，穗中红具较高的耐病性能。第二，加强栽培管理，改进栽培管理措施，增强植株抗、耐病能力即改秋植为春植，当年收果，当年砍伐，以保产量。从种植至开花结果这段时间，秋植木瓜要经过两个发病高峰（10－11月)已结果，产量基数已定，故在7-8月份回绿期，加强肥水管理，促进植株长势壮旺，对提高单位面积产量有显著效果。故春植比秋植可降低发病率26-94%。第三，及时挖除病株。在果园发现病株(特别苗期），立即挖除，已达盛果期的果园，发病率超过20%的果园可以采取只挖除失去结果能力的病株，对于果多的病株，保留不挖，利用回绿期，加强肥水管理，让果实继续发育。第四，消灭病原，适当隔离。老果园在植前清除病株，新果园距离老果园2000米以上。第五，药剂治蚜：定期喷药灭蚜，根据蚜虫迁飞高峰期，特别在干旱季节及时检查喷药，注意清除果园周围蚜虫喜欢栖息的杂草。第六，台湾省服务网室大棚育苗及种植、防蚜虫，效果较为理想，但成本高。
　　2.番木瓜炭疽病　本病是仅次于花叶病的另一个重要病害，在我国广东、广西、福建和台湾各地普遍发生。番木瓜全年都可发病，以秋季最为严重，幼果及熟果发病较多，在果实贮藏期本病可继续为害。
　　症状　主要为害果实，其次为害叶片和叶柄、茎。被害果面先出现黄色或暗褐色的水渍状小斑点，随着病斑逐渐扩大，病斑中间凹陷，出现同心轮纹上生朱红黏粒，后变小黑点。叶片上，病斑多发生于叶尖和叶缘，褐色，呈不规则形，斑上有小黑点，在叶柄上多发生于即将脱落或已脱落的叶柄上，病健交界不明显，上面生黑色小点或朱红色黏粒点。
　　病原　为炭疽病菌，该菌在病残体中越冬。在高温多湿的条件下，有利于病害发生流行，分生孢子由风雨及昆虫传播，由气孔、伤口或直接由表皮侵入。
　　防治方法　冬季清园：彻底清除病残体，集中烧毁，喷波尔多液；药剂防治：在8-9月份，发病季节每隔10－15天喷1次，边喷3－4次70%甲基托布津1000倍液，灭病威250倍液、50%多菌灵可800倍液。适时采果，避免过熟采果。避免采摘时弄伤果实，在采果前2周喷1000倍液甲基托布津起防腐保鲜的作用。
　　3.番木瓜叶上病害
　　（1）白粉病　在低温干燥时易发病。病症为白色粉状物，除为害叶片外，严重时可为害嫩叶、叶柄，发病后叶柄与叶片脆弱易折断。防治方法：避免过度密植，注意通风透光；在1－2月份，喷胶合硫或石硫合剂。
　　（2）疮痂病　疮痂病多发生于叶背，初期沿叶脉两侧呈现不规则的黄斑，以后转灰褐斑而产生木栓化组织，状如疮，上生灰色或灰褐的霉状物。
　　（3）灰褐斑　发生叶片两面，病斑圆至多角形，中部白至灰白色，周缘褐色斑上生小黑点。
　　防治方法　清除病叶，药剂防治方法同炭疽病的防治。
　　4.木瓜根腐病
　　症状　该病主要为害根颈部及根部，育苗期和定植不久的苗较容易感病。特别是苗地及栽培地地下水位较高或排水不良造成积水、土壤黏性大易感病。植株发病初在茎基出现水渍状，后变褐腐烂，叶片枯萎，植株枯死，根变褐坏死。
　　病原为镰刀菌属，以病菌在土中越冬，成为第二年传染源，由流动水传播。
　　防治方法　苗棚内要通风透气、透光，降低温度，苗地和种植地要排水良好，避免积水；避免连作，也不要与蔬菜地（特别前茬是葫芦科）连作；发现病株时拔除，病穴要灌药液护。用70%敌克松可湿性粉剂1000倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，每株灌药液0.3-0.5千克，7-10天1次，连灌药液0.3-0.5千克，7-10天1次，连灌2-3次。
　　番木瓜苗期除根腐外，还经常会出现白粉病、立枯病、猝倒病等，这些都是真菌性病害，高温高湿是这此病的诱因，防治可参考根腐病的防治。
　　（二）主要病害
　　1.红蜘蛛　为番木瓜主要害虫。防治方法生物防治：注意保护天敌，发现红蜘蛛为害可喷3－4次，减少虫口，并利于小黑瓢虫捕食；发生高峰期药剂防治：用胶合硫250倍液，在幼虫孵化期每隔5-7天喷药1次，连喷2－3次。另还可用杀螨剂，如73%克螨特乳油1500-2000倍液，5%尼索朗乳油2000倍液。
　　2.蜗牛　取食幼苗、嫩心和花蕾。每年4-6月间为害。防治方法：选无杂草处育苗；人工捕捉；幼苗定植后，用大塑料袋围套保护；撒放10%多聚乙醛、蜗立死（Aritox)10-15粒、80%灭蜗灵诱杀蜗牛。
　　3.桃蚜　是番木瓜环斑病的主要昆虫媒介之一。桃蚜一年发生10－30代，其他寄生植物有桃、十字花科蔬菜、烟草、马铃薯等。桃蚜也在番木瓜植株上繁殖、越冬。防治方法：育苗应远离桃园；砍除蚜虫传病的病株；清除番木瓜园附近桃树上的蚜虫；发现蚜虫及发生高峰期施用药剂防治：可用50%巴丹可溶性粉剂1000倍液，40%乐果乳油1000倍液，50%抗蚜威可湿性粉剂2000－3000倍液。