（一）主要病害
　　1.细菌性青枯病　常引起大批植株死亡，防治选用抗病砧木，如山刺番荔枝。
　　2.焦腐病　使果实变黑，成干僵果，也较常见，可结合炭疽病一并防治。生理病害中裂果，在一些品种也较严重，防治办法选用深根性砧木，调节产期、均衡土壤水分等。
　　（二）主要虫害　常见有：
　　1.咖啡豹蠹蛾：幼虫蛀食枝条，使枝条干枯。防治：①除捕杀成虫外，并于8－12月经常检查枝条，发现皮层有半月形卵点即用小刀刮除卵粒或初孵幼虫；②用棉花团蘸乐果或敌敌畏乳剂5-10倍液，塞入蛀道；③用“克牛灵”胶丸剂熏杀幼虫效果更好，更安全。
　　2.粉介壳虫：以若虫及雌成虫寄生在枝条、叶片、果实上，致使树势衰退，果实质劣，落叶落果，甚至整株死亡。并常诱发煤烟病。防治：①保护天敌。多种瓢虫、寄生蜂、草蛉都是蚧类的天敌，在自然界中控制蚧虫种群数量的增长具有非常重要的作用；②冬季剪除虫害枝，并喷药，消灭越冬虫源；③抓准在卵盛孵期喷药。常用的药剂有松脂合剂10－15倍液，40%速扑杀700倍液，25%亚胺硫磷400－600倍液，40%氧化乐果800－1000倍液等。
　　（三）自然灾害　台风使树体倾斜、倒伏、枝干折断，并危害果实。要选择避风环境种植，营造防护林，矮化树型等。华南各省冬季常因寒潮入侵，使番荔枝受害。受害轻重因种而异，因而要按立地环境选用品种。