《中国-东盟自由贸易区争端解决框架协议》根据自身情况而制定，兼顾了公平和效率，对推动贸易自由化、保障自由贸易区经贸秩序起着积极重要的作用。但有关法律专家认为，《争端解决协议》目前仍存在一些不足之处，应在实践中不断得到改进和完善，以便发挥最大作用，从而使中国与东盟自由贸易区的发展更为健康迅速。
一、《争端解决协议》所构建的争端解决机制的基本内容
１、《争端解决协议》的适用范围
２００４年１１月，经过多轮谈判，中国和东盟十国的政府代表，正式签署了《中国-东盟国家全面经济合作框架协议下辖争端解决机制协议》。《争端解决协议》第２条全面规定了该协议的范围和适用问题。比较值得关注的是：鉴于缔约方之间的一项争端，可能同时涉及到多个条约的管辖范围，在这种情况下，需要确定通过诉诸哪个条约的争端解决程序。《争端解决协议》规定，本协定不妨碍缔约方依据其均是缔约方的其他条约，诉诸该条约项下争端解决程序的权利。但是，涉及《争端解决协议》项下或者争端当事方均是缔约方的其他条约项下具体权利或义务的争端，若《争端解决协议》项下或其他条约项下的争端解决程序已经启动，起诉方所选择的争端解决场所应排除其他争端解决场所对该争端的适用。一旦起诉方依据《争端解决协议》或争端当事方均是缔约方的其他条约，要求设立或将争端提交一争端解决专家组或者仲裁庭，将视为起诉方已经选择了争端解决场所，那么将不能再选择其他条约的争端解决程序。不过，对一具体争端，如争端当事方明示同意选择一个以上的争端解决场所的，那么单一争端解决场所的规定将不适用。在这种情况下，如何处理多个争端解决场所裁决之间的关系，争端当事方应当作出先行的安排。
２、争端解决的基本程序
《争端解决协议》第４条至第１３条，具体规定了争端解决的基本程序，主要包括以下步骤：磋商、调解或调停、仲裁庭程序、执行、补偿和中止减让或利益等。条款虽然比较概要，但是框架清楚，具有较强的操作性。
磋商。磋商是《争端解决协议》规定的争端解决程序的首要强制性阶段。提出磋商请求的一方称为"起诉方"，磋商请求针对的另一方称为"被诉方"。根据《争端解决协议》第４条，如由于被诉方未能履行其在框架协议项下的义务 ，导致（Ａ）起诉方在框架协议项下直接或者间接获得的利益正在丧失或减损；或（Ｂ）框架协议任何目标的实现正受到阻碍，起诉方可以向被诉方提出磋商请求，对起诉方就影响本协议的执行或适用的任何事项提出的这种磋商请求，被诉方应当给予应有的考虑和充分的磋商机会。
如一磋商请求被提出，则争端当事方应尽最大努力通过磋商对有关事项达成双方满意的解决办法。磋商是在保密的情况下进行的，且不得损害任何一方在进一步或者其他诉讼程序中的权利。此种进一步程序，主要是指《争端解决协议》规定的仲裁庭程序，其他诉讼程序，则是指诉诸其他争端解决场所的情形。
根据泰国代表团的提议，由于中国-东盟自贸区内货物贸易很重要的一部分是水果等易腐货物，第４条特别规定了针对紧急案件的情况：在紧急案件中，包括涉及易腐货物的案件，争端当事方及仲裁庭应尽一切努力尽最大可能加快诉讼程序，显得尤为必要。
调解或调停。鉴于自贸区的多边性以及贸易纠纷的政府间特色，《争端解决协议》还规定了调节和调停程序，调解和调停是争端各方同意自愿采用的程序，可随时开始，随时终止。
仲裁庭程序。仲裁庭程序是解决争端的核心程序，是明辨是否存在违反框架协议措施的主要手段，具有较强的法律特色，也是谈判过程中各方花费时间较多的部分。
如何设立仲裁庭。如磋商未能解决争端，起诉方可书面通知被诉方请求设立仲裁庭。设立仲裁庭的请求应当说明请求的理由，包括确认：（Ａ）争论中的具体措施；及（Ｂ）足以明确陈述问题的起诉的事实和法律根据（包含被声称违反的框架协议的规定及任何其他有关规定）。由于《争端解决协议》并未设立一个常设的管理机构，因此根据此种实际情况，谈判各方在《争端解决协议》规定的仲裁庭的设立实际上是自动的，即只要起诉方书面通知要求设立仲裁庭，仲裁庭就被视为设立。
如何组成仲裁庭。目前国际上的一些自由贸易区协定中，在具体从事争端解决的人员的选任上，是存在较大的差别，有的采取名单、有的采取抽签。经过谈判，《争端解决协议》规定的方式是各自推选仲裁员的方式。仲裁庭一般包括３名成员，起诉方（在２０日内）和被诉方（在３０日内）各指定一名。之所以被诉方享有更多的时间，主要是从公平的角度出发，因为起诉方在提出设立仲裁庭方面享有主动权，可以事先进行遴选仲裁员的工作，而对被诉方来说，不能预测仲裁庭的设立与否以及时间，因此给予更多遴选仲裁员的时间。如争端任何一方未能在此期限内指定仲裁员，则另一方所指定的仲裁员应作为仲裁庭的独任仲裁员。
若起诉方和被诉方分别指定了仲裁员，有关当事方应尽力就将作为仲裁庭主席的另外一名仲裁员达成一致。如未能就仲裁庭主席人选达成一致，则应请求世界贸易组织（ＷＴＯ）总干事来指定仲裁庭主席，且争端当事方应接受此种指定。这主要是从公平的角度，保证主席的独立性。若一争端当事方并非ＷＴＯ成员（根据越南代表团的提议，鉴于越南尚未加入的情况），则争端当事方应请求国际法院院长指定仲裁庭主席。
仲裁庭的职能。经过谈判，各方一致同意，仲裁庭的主要职能是对审议的争端作出客观评价，包括对案件事实及框架协议的适用性和与框架协议的一致性的审查。如仲裁庭认定一措施与框架协议的规定不一致，则应建议被诉方使该措施符合该规定。除其建议外，仲裁庭还可就被诉方如何执行建议提出办法。但在其调查结果和建议中，仲裁庭不能增加或减少框架协议所规定的权利和义务。仲裁庭裁决为终局，对争端各当事方有约束力。但是，需要注意的是，仲裁庭不能作出命令，要求缔约方政府采取何种措施。这是谈判各方的共识，也是尊重自由贸易区成员主权的一种体现。
仲裁庭如何履行其职能。《争端解决协议》第９条规定了仲裁庭的工作程序。各方同意仲裁庭工作采取会议的方式进行，会议不公开。鉴于《争端解决协议》未指定规定的争端解决会议进行的场所，因此为公平起见，会议地点应由争端各方协商一致来确定。如果不能达成一致，则第一次实质性会议在被诉方首都举行，第二次实质性会议在起诉方首都举行。仲裁庭的审议和提交仲裁庭的文件应保密，仲裁庭的审议也应当保密。仲裁庭报告中仲裁员个人发表的意见应匿名。仲裁庭应在其组成的１２０天内向争端方散发最终报告，无论如何不应超过１８０天。
第９条中有关仲裁庭的工作程序是强制性的，可以理解为争端方和仲裁庭都无权更改。对于仲裁庭进行工作的其他方面和实质性会议如何进行等具体方面，《争端解决协议》附件１进行了规定。这些规定并非强制性的，仲裁庭在与争端各方磋商后可以另行决定，在未另有决定的情况下，应遵守附件１中的有关仲裁的规则和程序。
执行阶段。《争端解决协议》第１２条中明确规定了对于仲裁庭裁决的执行义务。在仲裁庭作出裁决后，被诉方应通知起诉方其执行裁决的意向。如立即执行不可行，被诉方应有一合理的执行期限。合理期间如不能协商一致，则仍需经过仲裁确定。在此合理期间结束后，如果争端各方在是否裁决得到执行上存在分歧，《争端解决协议》规定任何一方不得单方面进行判断，需经仲仲裁确定，是否被诉方没有真正执行。
补偿和中止减让或利益。在谈判中，各方一致认为，执行仲裁庭裁决的义务是强制性的，如果被诉方未实际执行裁决，那么就要承担一定的后果--给予起诉方必要补偿，或者承受可能的报复--起诉方有权中止依据框架协议给予被诉方的减让或利益。属于在建议和裁决未在合理期限内执行时可获得的临时措施。但是，减让或利益的中止应是临时性的，不能免除执行仲裁庭裁决的义务。只有被认定与框架协议不一致的措施已取消，或必须执行仲裁庭建议的缔约方已经做到，或已达成双方满意的解决办法，纠纷才真正算是得到解决。
二、《争端解决协议》的作用和意义
《争端解决协议》在中国-东盟自由贸易区的建立过程中，是一件具有重要意义和作用的法律文件，对于中国和东盟全面的经济贸易合作将起到重要的维护和促进作用。
１、《争端解决协议》是实施《框架协议》的各项原则和措施的有力保障
《争端解决协议》与《框架协议》的关系，实质上就是程序法与实体法的关系。没有完善和有效的争端解决机制，《框架协议》在实施中遇到的问题就无法妥善解决，未来自由贸易区各方之间的权利和义务关系就无法得到法律的有效界定和保护，各方之间的经贸往来就要受到不利影响，自由贸易区的前途就要蒙上阴影。因此，正如《关于争端解决的规则与程序的谅解》在世界贸易组织中的所发挥的作用一样，在中国-东盟自由贸易区中，《争端解决协议》的制定和生效对于《框架协议》的实施有着任何协议都不可替代的作用，是《框架协议》赖以实施和发展的有力法律保障。
２、《争端解决协议》借鉴了国际通行原则，又富有自身特点，具有很强操作性
《争端解决协议》在价值取向和内容上都与世界贸易组织《争端解决谅解》有诸多相同之处，从而与国际相关规则做到了一定程度上的统一和协调。在价值取向上，这一点体现在争端解决机制鼓励争端方通过谈判解决争端，强调争端解决的首要目标是使违法措施得到撤销，并不鼓励争端各方采取报复措施（第１３条）；同时，争端解决机制运行在基本原则、覆盖范围、程序规则、强制性等方面都与世界贸易组织的规定有很多类似之处。可以说，这对于使未来的中国-东盟自由贸易区在贸易规则上做到与世界贸易组织规则的统一和协调具有重要意义，符合目前国际社会在这方面的发展方向。
３、《争端解决协议》规定的争端解决的范围广泛，从而使中国与东盟间可能出现的争端能运用自身的力量妥善解决成为现实
协议在第２条规定了争端解决机制的涵盖范围，规定任何根据《框架协议》及其附件和未来文件而引起的争端都可以根据该协议来解决，至于影响执行《框架协议》的争议措施，则既可以是中央政府所采取的，也可以是地区或地方政府所采取的措施。可以看出，该协议规定的争端解决范围非常广泛，任何影响《框架协议》履行的成员方任何级别的政府措施所引起的争端都可以通过该机制来妥善解决，从而为解决争端奠定了基础。
三、《争端解决协议》存在的不足及其完善
１、 仲裁庭组成人员的不足及其改进
在《争端解决协议》第７条规定，被任命的仲裁员或仲裁庭主席，他们应擅长或熟知法律、国际贸易或框架协定中所涉及的事项及由国际贸易协定而产生的争端解决方法。这项规定是仲裁员或仲裁庭主席必须所具备的条件之一，且规则也肯定仲裁员或仲裁庭主席的挑选必须基于客观、可靠、有准确的判断力和独立原则。但是此条存在着一个明显的缺陷，即只规定主席不应该是任何争端一方的国民，也不应常住于争端国中或在争端国中从业，而对于其他的仲裁员却无此类似的规定。有关法律专家认为，适用于仲裁庭主席的规则也应适用于其他仲裁员，同时，他们都应以个人身份而既不得以政府代表又不得以任何组织代表身份参与仲裁。另外，具有上述资格的仲裁员的名单应由一个机构统一编策出来，以便争端方可以从这份名单中挑选适当的仲裁员。
２、 仲裁庭设置及表决方式的不足及其改进
根据《争端解决协议》，为解决争端而设置的是临时仲裁庭，即当争端要求被设立仲裁庭解决时，仲裁员才由争端双方选择，争端解决完毕，此仲裁庭就自行解散。是否可以考虑设立一常设仲裁庭，便于经常性的投资、贸易纠纷得以及时有效的解决，同时，使之变得更加富有经验，处理问题更加高效。
《争端解决协议》第８条规定，仲裁庭应以协商一致方式作出裁决；如仲裁庭不能达成一致意见，则依多数意见作出裁决。一般而言，这种表决方式是没有问题的。但是，在仲裁庭没有达成一致意见，争端中又存在第三方的情况下，依该条规定，可能会出现裁决无法作出的情形。根据《争端解决协议》第１０条，任何对仲裁庭裁决的事项有实质利益且已将其利益书面通知争端各方的成员（这里指第三方）应向仲裁庭递交书面陈述文件。如第三方认为已成为仲裁庭裁决主题的措施造成其根据框架协定下获得的利益丧失或减损，该方可以援用本协定的争端解决机制求偿。因此，如果某一争端中出现了三个以上的当事方，而仲裁员的意见又彼此不同（如Ａ、Ｂ、Ｃ三名仲裁员分别认为甲、乙、丙三国应承担责任），则可能出现无法作出裁决的情况。因此，在无法协商一致的情形下，依首席仲裁员意见作出裁决较妥。
３、仲裁裁决复核程序的缺损及完善
在中国-东盟自由贸易区争端解决机制中，采用的是仲裁方式，并且规定裁决具有最终的法律约束力。这样规定，会有如下问题：如果因仲裁庭组成的不当或明显超越权限，裁决赖以成立的理由不清等而使裁决不公正时，那应该如何处理？
综合考虑，争端方对于原裁决或判决有异议情况下所启动的程序，法律专家认为，中国-东盟自由贸易区争端解决机制可以设立一个仲裁裁决的复核程序。只要争端任何一方能根据下列一个或几个理由提出书面申请，即可要求争端另一方与之重新设置仲裁庭进行复核：（１）对于仲裁庭组成不适当或明显超越职权；（２）仲裁庭成员有明显的渎职错误、偏见或利益冲突；（３）有严重的背离基本程序规则的情况；（４）裁决所依据的法律有所偏差或审理事实不清。通过启动这一复核程序为争端的公平、公正的解决将发挥重大作用。 对复核的时间应有一个明确的时间规定。因此在任何情况下，上诉程序不能超过９０天。 不过对于争端涉及反倾销、反补贴等技术性较强，又有多方投诉等可能性较大的争端，严格的时间限制会给仲裁庭的复核带来困难，因此对于此类案件可以相应地延长３０天。
４、执行程序的不足及其完善
在《争端解决协议》中虽然对执行程序作了一系列的规定，但与ＷＴＯ的争端解决机制的执行程序相比，它存在着明显的不足之处。如ＷＴＯ中对于专家组裁决的执行有其自己的一套"跟随执行监督制度"。有关专家认为，在中国-东盟自由贸易区争端解决机制中完全可以借鉴ＷＴＯ的"跟随执行监督制度"，由于中国-东盟自由贸易区没有一个统一的常设机构，不妨可以由原仲裁庭代为行使。即使仲裁庭的建议或裁决的执行置于原仲裁庭的监督之下，在此期间任何成员方都可提出质疑，执行方应在每次监督与审议其执行情况的原仲裁庭会议前１０天提供执行进展情况的书面报告。通过"跟随执行监督制度"的运行，使执行活动更趋透明化，形成一种强大的道义压力，迫使败诉方执行建议或裁决，最终强化了执行的力度，保证了胜诉方的利益。
５、惩罚机制的缺陷及其完善
《争端解决协议》的惩罚机制是以同一领域或交叉领域交互使用，这对建议或裁决的执行起了非常重要的保障作用。但是在《争端解决协议》第１３条赔偿、减让或利益的中止，对于惩罚水平并没有作出清晰的规定。ＷＴＯ对此有着明确的规定，即要求惩罚水平应与利益损害或丧失的水平相当。因此，专家认为，该争端机制要使其发挥作用，公平的使争端得以解决，必须对惩罚的水平有明确规定，即要求惩罚水平应与利益丧失或损害的水平相当。如被申诉方认为申诉方所提议的惩罚水平违背水平相当原则，可以提请原仲裁庭进行仲裁，且在交叉领域惩罚中，如果申诉方实行交叉惩罚时，被申诉方认为不合理或没有必要时，有权提请仲裁，这对防卫惩罚权的滥用是非常必要的。